ALGcontrol采用激發(fā)光對藻類(lèi)進(jìn)行激發(fā)。當激發(fā)光照射到葉綠素分子上時(shí)，葉綠素分子會(huì )將一部分吸收的激發(fā)光再以特定波長(cháng)的熒光的形式發(fā)射出來(lái)。

所有的藻都含有葉綠素a，這些葉綠素a發(fā)射的熒光峰值是相同的（都被激發(fā)出波長(cháng)680nm的熒光）。但是研究發(fā)現：同一種藻受到不同波長(cháng)單位強度激發(fā)光照射時(shí)，發(fā)出的熒光強度不同；不同的藻在受到相同波長(cháng)單位強度激發(fā)光照射時(shí)，發(fā)出的熒光強度也不同，所以可以通過(guò)這個(gè)特性對藻進(jìn)行分類(lèi)測定。

除此之外，儀器還會(huì )對其它干擾物質(zhì)和參數進(jìn)行測定以提高藻類(lèi)測定的準確性。其中包括：通過(guò)測定365nm的熒光和710nm的熒光分別對DOM（可溶解有機物）和濁度進(jìn)行補償。

ALGcontrol選用7個(gè)不同波長(cháng)的激發(fā)光對被測對象進(jìn)行激發(fā)測定，分別是365nm, 450nm, 525nm, 570nm, 590nm,615nm 和 710nm。

儀器在工作時(shí)，7種不同波長(cháng)的激發(fā)光以極高的頻率逐次對被測對象進(jìn)行照射，每次的信號值都會(huì )被儀器測定并記錄，所以每個(gè)波長(cháng)的激發(fā)光對不同藻的“激發(fā)值”都會(huì )被記錄并用于藻類(lèi)的濃度的計算，計算所得的結果圖像會(huì )以μg/l的形式在儀器屏幕上顯示。相應的DOM和濁度的結果也會(huì )被自動(dòng)的計算。