近年來(lái)，CRISPR/Cas9技術(shù)在作物研究中取得了重要進(jìn)展。然而，由于農業(yè)重要性狀大多是定量性狀，因此編輯啟動(dòng)子以調控基因表達強度變得十分重要。真核生物啟動(dòng)子由核心啟動(dòng)子區域和上游順式調控元件（CREs）組成。通過(guò)靶向多個(gè)CREs來(lái)實(shí)現基因表達的改變通常是耗時(shí)的。相反，核心啟動(dòng)子區域中的突變卻可以引起下游基因轉錄本的豐度顯著(zhù)變化。然而，但受限于序列特征，常用的CRISPR系統通常難以用于核心啟動(dòng)子編輯。最近發(fā)現的FrCas9與TATA PAM兼容，特別是與核心啟動(dòng)子TATA盒序列兼容。然而，FrCas9的活性及其在植物中的編輯模式尚未確定。
近期，安徽省農業(yè)科學(xué)院水稻研究所李娟與安徽農業(yè)大學(xué)魏鵬程團隊在aBIOTECH發(fā)表了題為“Developing a CRISPR/FrCas9 system for core promoter editing in rice”的研究論文。研究團隊設計了一種獨特的FrCas9系統，并利用該系統在水稻中進(jìn)行基因編輯，展示了其編輯植物核心啟動(dòng)子區域的潛力。
為了驗證FrCas9系統的核心啟動(dòng)子編輯能力，作者使用TATA盒序列作為PAM，在Nipp（Oryza sativa L.cv Nipponbare）對白葉枯病菌（Xoo）易感基因OsSWEET13的近端啟動(dòng)子上設計sgRNA。此外，為了直接監測編輯活性，設計了一個(gè)sgRNA以靶向水稻PDS基因。在48個(gè)PDS轉基因植株中，獲得了六個(gè)白化植株，表明FrCas9系統在水稻中具有活性。
為了評估FrCas9系統編輯TA豐富序列時(shí)的潛力以及在水稻中的編輯表現，作者在水稻PDS基因位點(diǎn)上設計了16個(gè)包含所有可能的5'-NNTA-3' PAM的sgRNA，通過(guò)對穩定轉化水稻愈傷組織的高通量測序表明，FrCas9系統編輯效率范圍從1.1%到35.3%，表明FrCas9的高PAM兼容性。FrCas9系統在TGTA、TATA和AGTA PAM位點(diǎn)編輯效率較高，分別達到35.3%、33.8%和32.1%，這與NNTA PAM的第二個(gè)核苷酸偏好為R（A/G）的假設一致。
為了進(jìn)一步測試FrCas9的核心啟動(dòng)子編輯能力，作者設計了一個(gè)帶有TGTA PAM的sgRNA，靶向水稻Waxy（WX）基因啟動(dòng)子中非典型TATA（TACAAAT）序列。利用FrCas9編輯獲得了WXiA和WXiT純合編輯植株，純合/雙等位突變效率為50%。突變植株中WX表達量顯著(zhù)下調，導致了直鏈淀粉含量（AC）顯著(zhù)下降。同時(shí)，作者使用TATA為PAM的兩個(gè)相向靶點(diǎn)，實(shí)現了FrCas9介導的雙向編輯，在核心啟動(dòng)子區產(chǎn)生多重突變和小片段精確缺失。此外，構建了源自FrCas9的堿基編輯器A3A-FrBE3和FrABE8e，并在T0轉基因植株中的評估其性能，結果顯示其具有較高編輯高精度。
該研究在植物中建立了FrCas9介導的基因敲除和堿基編輯系統，并實(shí)現功能基因核心啟動(dòng)子的高效編輯，為基因表達的微調和新種質(zhì)的創(chuàng )制提供了技術(shù)支撐。
Wang H, Ding J, Zhu J, et al, et al. Developing a CRISPR/FrCas9 system for core promoter editing in rice[J]. aBIOTECH, 2024: 1-7.
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